Es una de las revistas satíricas más conocidas de Europa. Fundada en 1992, saltó a la fama mundial en 2006, cuando se involucró en la controversia sobre las caricaturas de Mahoma. La revista publicó entonces las caricaturas aparecidas originalmente en el periódico danés Jyllands-Posten, Además, publicó un manifiesto de 12 intelectuales como Salman Rushdie o Bernard-Henri Lévy a favor de la libertad de expresión.
Por ello, fue demandada por autoridades islámicas francesas, que acusaron a la publicación de un delito de "injurias públicas contra un grupo de personas en razón de su religión". El juicio contra el director del semanario, Philippe Val, comenzó en febrero de 2007. El 2 de noviembre de 2011 la sede del semanario fue atacada con cócteles Molotov tras publicar una portada satírica de Mahoma en referencia al triunfo de los islamistas en Túnez.
El nombre de la revista fue sacado de una publicación que se llamó Hara-kiri, Hara-kiri hebdo y finalmente Charlie Hebdo entre 1969 y 1981. A fines de 1970, la publicación Hara-kiri hebdo fue prohibida por el ministerio de interior, Raymond Marcellin.
Sin embargo, el equipo decidió que la revista debía seguir publicándose y cambió su nombre a Charlie Hebdo, apelativo que se inspira en la publicación Charlie Mensuel, que uno de los fundadores de Hara-Kiri había lanzado en 1969. El nombre de Charlie se debe a que esa revista publicó por pirmera vez en Francia historietas de Charlie Brown.
En 1981, la publicación cerró tras una baja de lectores. Sin embargo, 11 años después, un grupo de dibuijantes y editores decide lanzar una revista satírica. Wolinski, uno de los dibujantes fallecido ayer, propone reponer el nombre de Charlie Hebdo. Tanto él como Cabu, otro de los profesionales que murió en el ataque, habían trabajado en el semanario del mismo nombre en los 70.
Su director Philippe Val y los dibujantes Gébé, Cabu y Renaud financian el primer número. Se creó una sociedad accionista, donde ellos se quedan con alrededor de un 80% de la propiedad. Charlie Hebdo, que se edita todos los días miércoles, se posiciona como una revista satírica de izquierda, con fuertes críticas a toda la clase política francesa. Los 60.000 ejemplares que vendía como promedio en 2006 se elevaron a 600.000 en el polémico número de principios de ese año.
Durante el año 2014, las ventas de la revista cayeron, alcanzando la cifra de 50.000 ejemplares. De hecho, Stéphane Charbonnier "Charb" -quien fue asesinado hoy-, el director del semanario que no cuenta con publicidad ni accionistas, llamó a sus lectores a salvar la publicación mediante una donación de solidaridad.