María Elena Gertner nació en Iquique, y según ella contó después, a los 9 años ya escribía cuentos y a los 12, sus primeras novelas. Ingresó a la escuela de Teatro Experimental de la Universidad de Chile y mientras estudiaba siguió escribiendo.
Publicó su primer y único libro de poesía; Homenaje al miedo, en 1950, cuando tenía 22 años. A esa edad viajó a París, donde conoció a Jean-Paul Sartre, Simone de Beauvoir y Albert Camus, personajes que influyeron en su existencialismo. Al tiempo estrenó sus primeras piezas teatrales La mujer que trajo la lluvia (1951) y La rosa perdida (1952), en el Teatro de Ensayo de la Universidad Católica, donde también fue profesora.
Incursionó en la literatura con la publicación de la novela Islas en la ciudad (1958), Después del desierto (1962), y Páramo salvaje (1963), pero su consolidación fue La mujer de sal (1964). La producción como cuentista de María Elena Gertner fue incluida por Enrique Lafourcade en Antología del nuevo cuento chileno (1954) y Cuentos de la generación del 50 (1959). Además trabajó en la revista Adán: la revista del hombre latinoamericano, creada por Mercedes Valdivieso, realizando entrevistas.
Gertner incursionó en el género del musical en los años setenta y, en la década siguiente, volvió al teatro y escribió varios guiones para teleseries de Televisión Nacional de Chile. Una de las más controvertidas fue La dama del balcón (1986), donde incluyó personajes nazis y se aludió al III Reich. Por esto, la telenovela sufrió la censura durante la dictadura militar. Desde inicio de los años noventa la escritora se instaló a vivir en Isla Negra, dedicada a la traducción y a su grupo de teatro “Alta Marea”. En 2005 recibió la Orden al Mérito Pablo Neruda por una vida dedicada al arte y la cultura.