Luego que el magistrado Mario Carroza decretara su procesamiento y detención preventiva en el marco del caso Caravana de la Muerte, Juan Emilio Cheyre renunció a su cargo en la Universidad Católica, donde se desempeñaba como director del Centro de Estudios Internacionales.
La universidad dijo que si bien "frente a casos judiciales de esta naturaleza, la UC cuenta con una política institucional que consiste en otorgar permisos de trabajo, sin goce de sueldo, para que cualquier persona pueda defenderse y aclarar su situación judicial", Cheyre optó por presentar su renuncia, la cual fue aceptada.
Si bien la UC destacó el "significativo aporte en docencia, investigación y extensión" y remarcó su "permanente compromiso con los Derechos Humanos, junto con respetar el funcionamiento de las instituciones y la autonomía de las instancias judiciales de nuestro país".
En medio del remezón por el procesamiento dictado por Carroza, parlamentarios de la Nueva Mayoría han presionado para que Cheyre deje su cargo como integrante del Consejo Directivo del Servel.
